De werking van het Voedselagentschap wordt gedeeltelijk gefinancierd door heffingen en retributies betaald door de operatoren van de voedselketen en die onder de controle vallen van het Voedselagentschap.

De retributies zijn dienstgebonden bedragen : het zijn vergoedingen voor geleverde prestaties zoals de aflevering van certificaten, controles op aanvraag of audits.

De heffingen worden jaarlijks geïnd in alle sectoren die actief zijn binnen de voedselketen of waarbij het FAVV controleopdrachten uitvoert. Zij dienen om een deel van de kosten te dekken verbonden aan het controleprogramma van het FAVV en de B.S.E.-testen (boviene spongiforme encefalopathie of dollenkoeienziekte).

Het bedrag van deze heffing is afhankelijk van diverse factoren zoals:
- de sector waarin een bedrijf actief is;
- de productiecapaciteit;
- de personeelssterkte.

De bedragen van de heffing worden jaarlijks geïndexeerd.

Tarieven 2018 :